手机端使用独立的域名（例如：3g点baidu点com）
PC端也使用独立域名（例如：www点baidu点com）
两个域名内的内容都是相同的，这样百度会不会因为重复内容而降权？如果是，要怎么处理？此外做手机站还要注意哪些方面？

会有影响的

这些没有问题的，百度的PC蜘蛛和手机是不同的识别系统。并且两种爬取的方式也是略有不同的吧。

不会重复收录，因为百度搜索引擎有针对手机网站的独立算法和独立出入口。
一般手机网站内容都会有声明，证明这个网站是手机网站。

现在手机端的网站，大多都是调取pc段网站的内容。
这个没问题的。
可以参考百度站长平台里的webAPP 的相关说明。