如题，命名规则的变动导致大量链接生成，数据库也生成有html页面。

百度部分已收录，若我希望减少链接分层，更改命名规则去除 Y.M.D,是否会对原有文章排名收录影响？

规则改变后导致有大量的链接改变的话，是会有影响的。
如果改变了，需要把旧的URL301跳转到新的URL上，同时向百度提交改版规则
这样可以减少URL改变带来的影响。

你是指URL规则么？
页面是动态的，如果后台有生成新的html，你应该考虑做URL的301重定向，将老的URL定向到新的，再在百度站长平台中提交一下改版规则。
一般这种操作会对页面的排名造成一定的影响，提交百度改版规则后等待反应，会恢复排名。改版后最好也检查一下全站死链，如果有也提交一下死链。