如：www.abc.com/123/index.html和www.abc.com/123/是可以访问同一个页面的，我自己的想法如下：

第一种，把这些带index.html的URL做301调整到不带index.html的，然后外部链接统一发不带index.html。
第二种，让技术把index.html去掉，然后nobots屏蔽抓取。

各位大神，大家觉得那种方法比较好，还有没有其它的方法？

另外，新站的404页面是否可以直接301重定向或者js跳转到首页？

搜索引擎在抓取的时候会检索比较常用默认的文件，如default index 等。
你完全可以将改成别的任意名(例如： )，然后相应的设置一下默认页即可，网站上如果没有连接到这个html的路径，搜索引擎一般是不会收录的

两种都可以，第二种可以实现的话，效果会比较好。
新站404不会跳转到首页，而是空间的默认404页面。