公司几个月前做了一个网站，上线之后一直没管，由于设置不当，百度收录了网站许多测试页面，现在公司要对这个网站重新进行改版，包括后台，我想问一下这些页面该怎么处理？

你这些收录的都是测试页面啊，对你也没有什么用处吧。
如果是有用的就把相应的页面URL保存下来，给百度提交网站改版信息，做好新旧URL的对应，301跳转。不过如果改版是程序架构的更换，而不是模板，那么以前的这些URL基本上是性命不保的了。
不用太过纠结这些东西，壮士断腕，要改就彻底的改，再说了，往好的改，谁不喜欢呢？百度和蜘蛛都不能例外。

直接在做网站的那家公司了，给人家交点费，二次开发，让人家给改呗。