Site是直接查询你网站的收录页面，而直接输入就不同了，就像你直接输入一个关键词一样，去百度进行海量的搜索，多数的返回结果都是带有这个关键词的内容。而非是你网站的URL

Site 域名与直接搜索域名是两种完全不同需求的指令，不同结果也是正常的。
另外，自从日后百度一直在调整数据，所以这段时间内产生各种现象都是很正常的。

Site:是一个指令，直接从数据库中调取该网站收录的页面。

直接输入网址，这是一个搜索指令，从数据库中调取相关页面，然后排序，或者是因为其它收录的页面没有参与排名，不会出现在搜索网址的搜索结果中。